Do có rất nhiều sự tương tự hình thái trong họ, nên chưa có đồng thuận về số lượng chi trong họ. Sự phát triển của kỹ thuật tạo trình tự ADN vào cuối thế kỷ 20 đã có ảnh hưởng lớn tới nghiên cứu các mối quan hệ phát sinh loài trong họ.

Việc sử dụng các chuỗi ndhF và cpDNA đã bác bỏ nhiều mối quan hệ phát sinh loài theo truyền thống được công nhận trong phạm vi họ Magnoliaceae. Chẳng hạn, nó chỉ ra rằng các chi Magnolia và Michelia là cận ngành khi 4 chi còn lại của phân họ Magnolioideae được tách ra. Trên thực tế, ngay cả các phân chi (Magnolia phân chi Magnolia, Magnolia phân chi Talauma) cũng bị phát hiện là cận ngành. Mặc dù phát sinh loài giải quyết trọn vẹn cho họ vẫn chua được xác định, nhưng các tiến bộ công nghệ này cho phép các nhà hệ thống học định nghĩa rộng các dòng dõi chính[4]